从强大敌人的手中夺回被抢走的秘宝！
鲁邦一伙最初的工作。
目标是坚不可摧的要塞型金库“方舟”。
公元前40年代的古罗马，安东尼赠与埃及艳后克娄巴特拉七世的“世界上最美丽的珠宝”，“光之项链”上镶嵌着“鲜红红宝石”的极致宝物“绯红之心”。该宝物很久之前失窃，此后便消失在了历史的黑暗中。
到了现代，红宝石和项链的所有人，代表东洋和西洋的两大富豪，掌管亚洲地下社会的Mr.普拉穆克和曾经作为亚森?鲁邦的搭档而闻名的老贼道森互相盯上了对方的秘宝。国际刑警组织的钱形警部收到消息，称全世界的小偷都将在道森的宅邸集合。届时会宣布盗贼团“The Works”的下任首领。在纷纷到场的小偷中，出现了国际通缉犯鲁邦三世的身影。道森打算推荐故友的孙子鲁邦为首领。
等待这场集会的普拉穆克操控视鲁邦为对手的迈克尔?李，成功暗杀了道森。拿到项链后成功完成了“绯红之心”。
鲁邦继承道森的遗志，发誓要夺回秘宝。秘宝就被保管在“方舟”，一个在地图上没有记载的丛林里，由地雷阵和武装兵守卫的坚不可摧的要塞型金库中。
鲁邦三世和次元大介、峰不二子、石川五右卫门一起，挑战这“绝不可能完成”的任务！?