公元653年。唐高宗皇位未稳急于用泰山封禅彰显皇威。自认血统高贵的吴王李恪，卧薪尝胆图谋夺回父皇原本留给他的皇位。李恪派死士暗中阻杀，泰山封禅在一场腥风血雨中惨淡收场。唐高宗在打击后一蹶不振不理朝政。郦贵妃为了制衡在后宫日益壮大的势力，决定让唐高宗把身处在感业寺中的武媚娘接回宫中。唐高宗借以感业寺修葺进香为名，带着官员们一起去寺里进香礼佛多少以挽回封禅受挫颜面，并顺道将武媚娘接回。狄仁杰带着富家千金童梦瑶与家丁二宝，随父亲来长安述职。在父亲的引见下，狄仁杰与国丈爷刑部尚书王佑仁见面，狄仁杰这才发现王佑仁之子王元芳竟是当天在市集上遇到了纨绔公子哥。两人不打不相识，王仕飞告诉狄仁杰感业寺闹鬼的传闻，约他一同前往探个究竟。却随即发生了一系列恐怖案件……成功破解感业寺疑云的狄仁杰得到唐高宗和武媚娘的欣赏与信任，狄仁杰与李婉清互生情愫，而元芳与梦瑶也互生好感。几人决定四处游历。一路打打闹闹，也屡遇凶险，经历了鸢尾谷的亡灵案，孤岛魔影案，九天玄女童谣杀人案后，狄仁杰与元芳成为挚交好友，两对年轻人的情感也愈加浓烈。但敏感的狄仁杰却始终感觉到了李婉清身世的复杂，以及身后一股神秘势力在暗中的蠢蠢欲动……结束了一番游历的狄仁杰一行接到皇上的两道密令将其急招回京。狄仁杰敏感地意识到京城可能要出大事，于是一行人马不停蹄，奔赴京师！在王佑仁的布局下，王元芳和狄仁杰之间起了冲突！原来王仕飞认为狄仁杰被武媚娘利用，帮助其在宫里争宠，狄仁杰不以为然。也就在这个时候，狄知逊被王佑仁打入大牢，罪名竟然是密谋造反，王佑仁拿出了全套证据，包括索朗就是狄知逊在宫里的内线，皇上大怒，将狄知逊打入天牢，也剥夺了狄仁杰查 案子的权力，武媚娘一样受到牵连！狄仁杰克制情绪，继续追查下去，发现这一切都是安排好的圈套，他决定要独自查清楚真相，不过随着调查的深入他发现这一切的最大黑手竟是王佑仁！同一时间元芳也发现了事情的蹊跷……大明宫前，禁军突然反戈，此时狄仁杰带着皇上的贴身大内侍卫从旁杀出护驾，无奈整个禁军都在王佑仁的控制下！在王佑仁的奉迎下，屠龙社的龙头终于现身了！唐高宗惊讶不已，眼前的人竟是自己的“已故”皇兄李恪，最终的大战打响了。